生物信息学

彼得MAC癌症研究部门的生物信息学咨询核心(BCC)提供了一系列服务和专业知识进行数据分析。

生物信息学咨询核心设施

BCC的目标是为彼得麦克和维多利亚综合癌症中心(VCCC)的研究实验室提供所有层次的生物信息学支持。BCC的生物信息学家和博士后科学家团队与实验室和临床研究人员一起工作,为他们的实验设计、拨款申请和基因组和转录组数据的分析和出版做出贡献。核心分析的数据类型包括全基因组和全外显子组测序、定向重测序、放射图像、RNA测序、单细胞RNA测序、芯片测序、纳米串和各种类型的微阵列数据。

成本回收

费用适用于项目工作。通过EFT(部分薪水)贡献提供对更大项目的支持,而较小的项目通过服务费用模型收取较小的项目。BCC具有固定定价结构,可为最常见的分析服务而更新。对于定制或大规模分析,将在理解项目的要求和优先事项后提供报价。

咨询服务可免费获得彼得Mac员工。

服务类型

项目工作

生物信息学需要通常是独特的,不同的实验室可能需要不同的核心水平。BCC的团队可以帮助分析项目要求,讨论与调查人员的解决方案,随后进行分析。该团队还具有广泛的经验,在发布质量图中可以在文章中使用,以及根据日记要求发布数据。

授予申请

BCC的生物信息管理员可以通过生成导频数据来促进申请,并帮助在应用程序中描述可用于支持拟议研究的基础设施和生物信息学分析。

咨询

核心可以在实验设计和分析选项上提供咨询。对于使用自己进行生物信息学分析的研究组,核心可以根据需要共享诀窍并帮助排除故障。

方法/软件开发

现有工具通常无法回答独特的研究问题,从而产生新的生物信息学工作流程和/或方法。BCC的团队在建筑强大,高度引用的生物信息学软件的轨道记录,并可以与有兴趣的研究小组讨论合作机会。

深机学习

核心致力于通过深入学习(DL)和其他机器学习技术的开发和应用来实现癌症研究。我们一直在研究涉及放射性图像和多OMICS数据的DL项目,并热衷于探索进一步的癌症应用领域。

管道开发

在现场后面,核心积极开发和维护分析管道,以便有效地处理测序数据。生物信息学管道是高通量基因组设施的一个组成部分,我们被美国视为基本的软件级基础设施。彼得MAC的所有生物信息管理人员都可以使用,并在BCC内外广泛使用。

伙伴

该BCC与分子基因组学核心设施,研究计算设施,Papenfuss实验室和其他基于实验室的生物信息管理员在Peter MAC上进行。

团队

杰森李博士(BCOMPSC,BENG(HONS),PHD):高级核心经理/研究员。使用机器学习技术和软件自动化从大型基因组和转录组数据集中知识发现的主要研究兴趣。利基专业知识:生物信息学企业发展
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佛朗哥甘肃(BCOMPSC,MBIOINF):博士生和高级生物信息学家。系统生物学的主要研究兴趣,生物网络分析及染色体X沉默在癌症中的作用。利基专业知识:网络/通路分析;纳米数据数据。
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Kaushalya博士Amarasinghe.(BSC(荣誉),博士:生物信息和数据工程师。专门用于开发癌症图像和基因组学数据的深层学习方法。开发了用于下一代测序数据的多个DNA拷贝数分析方法。利基专业知识:深度学习,机器学习,副本数分析
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尼科特博士(Beng,MSC IT,PHD):高级软件工程师。专业从事软件开发和管理,具有端到端合并,分析和可视化的兴趣。利基专业知识:测序设施水分;排序数据处理。
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理查德·卢帕理学学士:哲学硕士):高级生物信息学软件工程师专门从事下一代测序数据的生物信息学流水线开发和自动化。利基专业知识:临床测序自动化;云计算。
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马格努斯粽子MSc (BSc): Bioinformatician。主要研究方向为单细胞RNA-seq分析和转录组数据集的聚类/亚型分析。利基专业知识:单细胞RNA SEQ;VC管道验证和认证。
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卡西提琴菲尔德(BSC,DIPMATHSC,MSC):生物信息管理。CTDNA,免疫组科和理解癌症性差异分析的主要研究兴趣。利基专业知识:LC-WGS,TCR-SEQ,RNA-SEQ。
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迈克尔富兰克林(BSc, BCompSc):软件工程师。擅长软件开发和数学。利基专业知识:便携式管道开发。
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佳宇(Beng,MSC):生物信息管理员。专门用于测试和验证下一代测序生物信息学管道。利基专业知识:生物信息学管道测试和验证。
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生物信息学团队
生物染色核心设施团队

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