维多利亚时代的功能基因组学中心

“用高通量技术推动发现和转化医学”

跟着我们推特

Peter MAC的维多利亚时代的功能基因组学(VCFG)中心使生物医学研究人员澳大利亚能够使用多个平台进行基于新的发现基础的高吞吐量屏幕的能力。VCFG促进了基因组中所有基因的功能询问,或使用CRISPR / CAS9选择的精品收集,小干扰RNA(siRNA),微RNA(miRNA),长的非编码RNA(LNCRNA)和短发夹RNA(SHRNA)方法。VCFG使用市售的化合物或通过化合物使大型和小规模的药物筛选。VCFG在使用定量高含量筛选的细胞表型中具有广泛的体验,并开发了复杂的分析管道以进行数据分析。

VCFG已经建立了高通量3D管线,用于嵌入细胞系,患者或PDX衍生的材料和与相互作用细胞类型共培养。使用Matrigel和我们的机器人自动化或使用我们的Rastrum 3D Biopleinter仪器,可以在96和384井格式中进行这项工作。发明生命科学。使用我们已建立的药物筛查管道,我们可以将该技术转移到3D中的药物发现。

VCFG有一个澳大利亚 - 第一,反相蛋白阵列平台,一种高通量平台,以快速量化天然和磷脂特异性蛋白质同种型的表达,在非常小的样本群体中。我们有一个大抗体收集,可以立即以定制格式或整个集合筛选。我们欢迎研究人员带来自己的抗体。

VCFG主要经营“研究人员驱动的员工协助”模型,其中研究人员嵌入了设施,在适当的设备上培训,并通过筛选和分析,通过测定概念设计的VCFG团队完全支持。重要的是,每个项目都是根据您的特定生物问题定制的,建于超过10年的经验,我们将帮助您的项目推动最佳屏幕结果。

VCFG是由A / Prof Kaylene Simpson和一支高度经验丰富的研究团队。

平台

3 d平台

使用Janus G3机器人,我们可以以96孔格式嵌入Matrigel中的细胞,并使用Rastrum细胞嵌入在96和384孔格式中的不同组成和刚度的定制水凝胶(生物链)。该平台使得具有高度复杂的共培养相互作用研究,包括肿瘤和免疫细胞,宿主 - 病原体相互作用,血管生成和细胞侵袭。它对个性化医学时代具有巨大潜力。我们目前正在进行大型和小型复合筛选,耦合在无标记和荧光设置中的复杂成像。我们开发了一种定制的分析管道,可以测量结构尺寸和可行性,重要的是,可以测量数百个无偏的蜂窝特征,以与表型签名相同的组。这种强大的方法可以快速将大型“命中列表”的标识转换为聚焦的子集。

CRISPR / Cas9筛选

CRISPR / CAS9系统能够直接在基因组水平上直接删除基因,并为RNAi互补的基因扰动的平行平台。该方法使用细胞衍生的酶Cas9和基因特异性单引导RNA分子(SGRNA)在精确定义的基因组位置中引入导致完全基因敲除的刻痕。

汇集病毒克切普尔筛选

VCFG将最新一代基因组汇集CRISPR文库用于敲除蛋白质编码基因(人,Brunello图书馆和小鼠,Brie文库),使用Crispra(Calabrese和Caprano)和使用Crispri(Docetto和Dolomiti)抑制。为了鉴定负责表型的基因,我们使用下一代测序,以及分子基因组学核心我们提供完整的排序管道和随后的数据分析和命中识别。VCFG还具有用于阵列格式的Transedit双指南病毒库,可用于单个目标优化或验证或精品池库筛选。构造可以用短暂的通知和甘油股票提供樱桃,为您提供直接进入病毒的生产。我们有许多对照,Cas9蛋白和核原味准备进入实验室,我们促进购买指南以折扣率。

阵列合成Crispr筛选

合成CRISPR平台在96或384井格式中使用液体处理自动化以阵列自动化以阵列格式实现基因敲除。该平台使用合成纯化的SGRNA使用脂质转染试剂瞬时递送到Cas9稳定的细胞中,并且通常在转染后72-96H内评估表型。该平台可以使用高内容成像或FACS分析来实现细胞表型方法。适合通过脂质的转染或悬浮细胞通过核原料与粘附细胞一起使用。

siRNA, miRNA,长链非编码RNA平台

SiRNA平台基于Dharmacon的Sigenome SmartPool试剂以96或384井板格式排列。靶向蛋白质编码基因组,miRNA(模拟或抑制剂)或长期非编码RNA的siRNA使用脂质的试剂瞬时引入细胞中,并在转染后三到七天之间测定。

筛选者可以使用高吞吐量读卡器对基于高通量,高含量的细胞分析或基于荧光/发光的表型的比例进行成像。通常,研究人员多路复用了他们的屏幕并使用两个平台。

化合物筛选

使用高通量液体处理自动化,VCFG可以实现所有类型的化合物筛选方法,从细胞筛选到蛋白质复合交互筛选,包括2D和3D格式。从BYO药物和多细胞系的直接剂量曲线到大型化合物集合,这种筛选方法有很大的创造性,我们与您一起开发分析读数。我们已经开发了可以在2D和3D条件下生成2路和3路协同测量的管道。化合物主要来源于化合物澳大利亚格里菲斯

shRNA平台

在基因缺失认为不太理想的情况下,VCFG使用慢病毒ShRNA-MiR30载体系统(PGIPZ)具有汇集的shRNA筛选平台,以使稳定敲低初始,非分裂和标准细胞系。可以单独筛选SHRNA以验证目的或筛选为池。VCFG提供基因组和定制筛选选项,以及分子基因组学核心开发了下一代测序管道,以识别负责测定生物表型的基因。

反相蛋白阵列平台

基于高敏感的Zeptosens定量蛋白质组学平台,研究人员利用专有缓冲系统从细胞系或组织样品中提取蛋白质裂解物,将它们提交给VCFG,从200多个本地和磷酸抗体中选择覆盖主要信号通路(集合不断扩展)。蛋白质被发现到专有玻璃载玻片上,每格发现66个蛋白质裂解物。每个芯片都可以容纳6个网格,该网格转化为每芯片的6个抗体。研究人员可以从完整的抗体列表定制他们的项目,或者选择屏蔽预定义的发现面板之一(28和58抗体)。VCFG具有生物信息化管道,用于表达水平的定量分析,并提供所有数据。

有关详细信息,请联系A / Prof Kaylene Simpson。VCFG由该公司共同资助墨尔本大学,墨尔本协作研究基础设施计划,表达澳大利亚,NCRIS资助的联盟和彼得MAC。

资源

可用资源

克里普尔克

  • 人体全基因组排列SGRNA库(地平线发现)
  • CRISPR KO Brunello(人类)和Brie(老鼠)共用图书馆
  • Crispra Calabrese(人类)和Caprano(鼠标)汇集图书馆
  • Crispri Docetto(人类)和Dolomiti(鼠标)汇总图书馆
  • Transedit双引导全基因组人类阵列病毒文库
  • 图书馆扩增方案和试剂
  • 内部的NGS和分析管道
  • 阵列合成单CRRNA Kinome
  • Cas9和DCAS9病毒,Cas9蛋白
  • Nucleofection试剂

RNAi.

  • 蛋白质编码siRNA(阵列,全基因组或精品屏)
  • 人类和小鼠 - 二粒组和Sion-target-Plus库
  • 合并和排列shRNA-mir30全基因组文库
  • miRNA过度表达和抑制(人)
  • 长期非编码RNA siRNA(人)

化合物

定量蛋白质组学(RPPA)

  • 超过200验证的抗体(主要针对兔子中饲养的人靶基因,但大多数有小鼠反应性)
  • 自定义屏幕或从2个不同的预定义发现目标面板中选择
  • Zeptosens裂解缓冲液
  • incell Western Screening功能

可用仪表

  • 使用全自动CelloMics CX7和CX7-LZR,Widefield,Concocal,Live-Cell成像的高含量显微镜
  • infumyte sx5活成像,新陈代谢模块
  • Cytation5,一个复杂的平板成像仪和阅读器
  • 卡钳ALH3000液体处理机器人所有转染和专业液体处理应用
  • Janusg3液体处理机器人
  • Rastrum 3d Bioplext.
  • BioTek 406:三个单位,吸取和分配介质,细胞,固定和染色和添加药物
  • BioTek multiflo:抽吸和分发任何平板类型
  • Tecan D300E药物分配器
  • Amaxa 4d Nucleofector和96个高吞吐量适配器
  • 海马代谢bioanalyser
  • Zeptosens RPPA读者
  • Gesim纳米缩水衣
  • LiCONICs 220堆叠塔孵化器
  • EVOS FL,台式荧光显微镜
  • 条形码打印机;所有仪器都支持条形码读取
  • 用于数据和图像存储的专用和完全备份服务器

访问和联系信息

每个屏幕都是独一无二的,VCFG鼓励研究人员在最生物上适当的细胞系中工作,并思考其屏幕的范围。

VCFG团队与研究人员一起工作,通过测定开发,优化,转染和分析。这种伙伴关系开始与实验室负责人一起讨论屏幕和所有相关的物流,然后获取试剂,进入培训的实验室,并与我们一起完成,直到项目完成。提供了一个全面的用户指南和相关的仪器指南。

筛选和测定发展的性质决定了屏幕槽不能锁定,直到测定通过严格的统计标准。VCFG团队与研究人员合作,根据下游测定需求进行适当安排屏幕,并且有足够的操作冗余仪器,每周提供大量的屏幕槽。

生成的所有数据都仍然是筛选器的知识属性。

设施人员

A / Prof Kaylene Simpson——头orcid.linkedin.

Dr Susanne Ramm - 2iC -化合物筛选,3Dorcid.linkedin.

Twishi Gulati博士 - CRISPR筛查和RPPAorcid.linkedin.

Jennii Luu - 自动化专家实验室经理orcid.linkedin.

Karla Cowley - 高内容成像和分析orcid.linkedin.

arthi macpherson - rppa运营和分析orcid.linkedin.

罗伯特各种 - 设备培训,屏幕支持orcid.linkedin.

确认

VCFG由以下资助:

VCFG出版物和资源

可以在这里下载。对于VCFG出版物列表和其他资源,请访问我们的出版物和资源页。